天然食材通常容易因為加工環境不佳而造成汙染與損失，所以良好的GHP食品衛生操作環境會創造出許多看不見得優勢，相反的如果不好的環境就有可能使用不是好的食材，交叉汙染一直是食品加工的最頭痛問題，良好環境會將人流、物流、水流、氣流、細菌流分離，降低汙染程度增加食品保存與冷鏈穩定性。